1. Софт не для развлечения самосборный - большие конторы имеют и необходимоть, и возможности поддерживать некоторые патчи. Кроме того, далеко не всегда устраивают параметры "из коробки" (самый простой пример - в ядре на нагруженных машинах с кучей подключений кроме sysctl приходится править некоторые дефайны, чтобы выскочить за миллион параллельных коннектов).
2. Часть софта (а точнее - тот, на котором крутится бизнес-логика) вообще самописный.
3. Майнтайнер собирает пакет для "среднего случая". "Большой" продакшн - это ни хрена не средний случай. Обычная причина пересборки - выкидывание всех неспользуемых фич по принципу "меньше кода - меньше ошибок".
4. Как раз переходить надо со своим, проверенным гуру (а лучше с несколькими, конечно) - человек со стороны, во-первых, далеко не сразу получает нужное доверие, а во-вторых - очень долго будет въезжать в особенности бизнес-процессов. А контракты вида "обязан завершить такую-то работу, иначе платишь неустойку великую" заключить с гуру совершенно не проблема, как и тщательно задокументировать все действия и особенно rationale. И после этого можно довольно спокойно обучать других такому же уровню понимания системы, а даже если что-то случится с гуру - по документации более-менее вменяемые люди смогут осуществлять текущую поддержку пока не въедут сами полностью (или не найдется другой спец).